原木には、菌糸の伸長に都合の良いのと、しいたけの収穫量が多いという理由でクヌギとコナラ類がよく使用されます。伐採の時期は11月〜4月頃になり、原木1本太さ5〜14cm、長さ90cm程度になります。
調達した原木に菌を植えていきます。種菌の種類には成型駒、木片駒にオガ菌などがあり、それらの品種も様々で各農家のみなさんが自分の栽培形態にあったものを選んで植菌しています。
植えたあとは、植菌した原木に完全な活着・伸長を図るため、春頃ぐらいまでビニールなどをかけて保温、保温します。
春に気温が上がり始めた頃、原木を組みなおして通風をはかり、適度に散水します。また菌糸を均等に繁殖させるために2.3か月に1回原木の上下表裏を反転させる天地返しを行います。
菌糸が原木内に蔓延した状態をホダ木(植菌した時点でもホダ木という)といい、それを冷水につけ、刺激を与えて発生させる。浸水時間はホダ木の状態により左右され、6時間〜2日ぐらいになる。
浸水したホダ木を1日程度おいて自然に水を切り発生させる場所に移動させ展開します。そこから1週間程度で収穫できるぐらいの大きさに成長します。
収穫の終わったホダ木を休ませるため、別のハウスまたは、山に移動させます。約1ヶ月、散水と保温によって、しいたけ菌が新たに木の栄養を貯めて、次の発生に備えます。